1917 yılında çıkan yangın sonrası külliyenin bazı kısımları zarar görmüş ve 1925’te Üsküdar-Beykoz yolunun genişletilmesi sırasında camiyi çevreleyen duvarlar, üç avlu kapısı ve hazîre yıkılmıştır.
1894 depreminden sonra caminin minaresi yenilenmiştir.
20. yüzyıl boyunca çeşitli onarımlar yapılmış olup, türbe ve cami günümüze ulaşan kısımlardır.
- Öne çıkan özellikleri
İskender Paşa Camii, Mimar Sinan tarafından inşa edilen ve başlangıçta cami, medrese, türbe ve hamamdan oluşan bir külliye idi. Külliyenin hamam ve medrese bölümleri günümüze ulaşamamıştır.
Enine dikdörtgen planlı cami, Mimar Sinan’ın çatılı camilerinden biridir ve klasik Osmanlı mimarisinin zarif bir örneğidir.
Duvarları moloz küfeki taşıyla örülmüş olan caminin cephelerinde iki sıra halinde pencereler bulunur; alt sıradaki pencereler dikdörtgen, üst sıradaki pencereler ise sivri kemerli ve alçı şebekeli revzenlerle kaplanmıştır.
Cami, sonradan ahşap duvarlarla kapatılan bir son cemaat yerine sahiptir. Cümle kapısının bulunduğu kuzey cephesinde üst üste dizilmiş toplam on üç pencere yer alır.
Kuzeybatı köşede yer alan minare kare tabanlı ve çokgen kesitlidir. Şerefesinin altındaki ince mukarnaslar, klasik Osmanlı taş işçiliğinin zarif bir örneğidir.
İç mekânda çubuklu ahşap tavan yer almakta olup, Evliya Çelebi’nin anlattığına göre caminin çatısı bir zamanlar kurşun kaplıydı.
Harim kısmındaki pencereler ve kapı üzerindeki kalem işleri, Osmanlı sanatının zarif örneklerindendir. Kapının üzerinde sülüs hatla yazılmış üç beyitten oluşan Arapça kitabe yer alır.
Gazi İskender Paşa ve oğlu Ahmed Paşa’nın medfun olduğu türbe, kâgir duvarlı ve ahşap çatılı olup dört cephede toplam on altı pencere ile aydınlatılmaktadır.