1835 yılında Sultan II. Mahmut’un fermanıyla restore edilmiştir. 1930’larda caminin minaresi yıkılmış, bir süre Anadolu Hisarı İdman Yurdu ve siyasi partiler tarafından lokal olarak kullanılmıştır.
1950’lerde caminin amacı dışında kullanılmasından dolayı halkın tepkisi üzerine cami tamamen yıkılmıştır.
2013-2014 yıllarında Küçüksu Mesiresi projesi kapsamında aslına uygun şekilde yeniden inşa edilmiştir.
- Öne çıkan özellikleri
Mihrişah Valide Sultan Camii, III. Mustafa’nın eşi Mihrişah Sultan tarafından Boğaziçi’nin tipik mütevazı mescitlerinden biri olarak Bostancı Ocağı için yaptırılmıştır.
Cami, tek minareli ve tek şerefeli olup, 214 metrekare taban alanına sahip kâgir duvarlı, ahşap kırma çatılı bir yapıdır.
Cami, 1930’larda Küçüksu Kasrı’nın devlet büyüklerine tahsis edilmesinin ardından cemaat kaybına uğramış ve minaresi yıkılmıştır.
Cami, yıllar içinde Osmanlı ve Cumhuriyet dönemlerinin çeşitli sosyal ve kültürel işlevlerine ev sahipliği yapmış ve halkın tepkisi üzerine 1959 yılında tamamen yıkılmıştır.
2013-2014 yılında aslına uygun olarak yeniden inşa edilen cami, günümüzde Göksu ve Küçüksu Camii olarak da bilinir.