1763 yılında meydana gelen bir depremde minaresi hasar gören külliye, barok üslupta yenilenmiştir.
1918’deki Cibali-Fatih yangınında külliyenin çevresindeki yapılarla birlikte zarar görmesine rağmen kapsamlı bir onarım çalışması gerçekleştirilmemiştir.
1960’larda medrese yapısının yurt inşaatı girişimlerine konu olmasıyla birlikte, yapının korunması ve restore edilmesi gerektiği kararı alınmıştır.
1976 ile 1991 yılları arasında yapılan kısmi restorasyonlarla külliye yeniden ihya edilmiştir.
1995-1996 yıllarında gerçekleştirilen kapsamlı bir restorasyonla türbe, sebil ve çeşme yeniden inşa edilmiştir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Hâfız Ahmed Paşa Külliyesi; cami, medrese, dârülkurrâ, türbe, sebil, çeşme ve sıbyan mektebinden oluşan bir külliye olarak inşa edilmiştir. Külliye yapıları kesme taş ile yapılmıştır.
Cami, dikdörtgen planlıdır. Orta kısmında büyük bir kubbe, yanlarında ise daha küçük kubbeli iki kare mekân bulunmaktadır. Cami, avluya bitişik olup klasik Osmanlı tarzında sade ve zarif bir yapıya sahiptir.
Minare, orta mekânın sağında bulunur; 1763 depreminde barok üslupla yeniden yapılmıştır. Şerefe korkuluğunda kabartma motifler bulunmaktadır.
Dârülkurrâ, caminin cümle kapısı yanında olup iki katlıdır, külliye ile uyumlu taş işçiliğine sahiptir.
Camiye bitişik yer alan türbe, kare planlı ve kubbelidir. Yeniden ihya edilmiştir.
Türbenin köşesindeki sebil, caddeye açılan bir kapıya sahip olup orijinal hali barok üslupta işlenmiştir.
Çeşme, medresenin batısında sivri kemerli ve kesme taş işçilikle yapılmıştır.