Külliyeye oğlu Sadrazam Fâzıl Ahmed Paşa tarafından 1676’dan önce kütüphane ve Vezir Hanı eklenmiştir.
Türbe, Divanyolu Caddesi genişletilirken 1871’de bugünkü yerine taşınarak yeniden inşa edilmiştir. 1871’de cadde genişletilince, mescidin kapısı önündeki revak kaldırılmış ve 1873’te kapı yenilenmiştir.
Medrese, 1894 depreminde zarar görmüş; 1914 yılında yaşanan yangında mağdurlar buraya sığınmıştır ve yakın dönemde Kubbealtı Akademisi Kültür ve Sanat Vakfı’na tahsis edilmiştir.
Vezir Hanı, 1914 yılında Odabaşı Mustafa Efendi tarafından onarılmıştır.
- Öne çıkan özellikleri
Köprülü Mehmet Paşa Külliyesi olarak da bilinir.
Sekizgen planlı, kasnaklı kubbe ile örtülü olup kesme küfeki taşından yapılmıştır. Barok üslubunda mermer mihraba, ajurlu ahşap korkuluklu vaaz kürsüsüne, sade işçiliğe sahip yeni bir ahşap minbere ve köşk tipi minareye sahiptir.
Medresesinde revaklı avlusunda on adet oda bulunur. Divanyolu genişletilmesi sırasında bazı odalar yıkılmıştır. Medresede revaklı avluya açılan kapı ve bir kuyu bulunmaktadır.
Türbesi sekizgen planlı, mukarnas başlıklı sütunların taşıdığı at nalı biçiminde kemerli cephelere sahiptir. Türbede Köprülü Mehmet Paşa, Ayşe Hanım ve Fâzıl Ahmed Paşa’nın mezarları bulunmaktadır.
İstanbul’daki ilk bağımsız kütüphane olarak tasarlanmıştır. Kubbesi, kalem işi süslemeler ve almaşık duvar örgüsü ile dikkat çekicidir. 1676’dan önce Sadrazam Fazıl Ahmed Paşa tarafından külliyeye eklenmiştir.
Vezir Hanı ise iki katlı ve iki avlulu olarak tasarlanmış olup, farklı dönemlerde değişiklikler geçirmiştir. İç avlusu kare kesitli taş payelere (ayak, destek) oturan revaklarla çevrilidir.