1965 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından bir restorasyon yapılmıştır.
Caminin orijinal yapısına sonradan medrese, şadırvan, sebil, sıbyan mektebi, çeşme ve hamam gibi ek yapılar eklenmiştir.
Çinili Hamam’daki çiniler 1964 yılındaki onarım sırasında kaybolmuştur.
- Öne çıkan özellikleri
Orta Valide Camii ya da Mahpeyker Kösem Valide Sultan Camii olarak da bilinmektedir.
Osmanlı mimarisinin barok öncesi dönemi yansıtan kare planlı, tek kubbeli bir cami olup iç mekânda son derece nadir bulunan, Kütahya yapımı çiniler kullanılmıştır.
Caminin çini süslemeleri, klasik Türk çini sanatının son örnekleri arasında yer almakta ve Osmanlı sanatının son dönem zarafetini sergilemektedir.
Medrese ve sıbyan mektebi, geleneksel külliye düzeninden bağımsız, arazinin eğimlerine uygun şekilde dağınık bir düzende inşa edilmiştir.
Cami külliyesi içerisinde dikkat çeken özelliklerden biri olan şadırvan, özel olarak tasarlanmış ahşap çatısıyla süslenmiştir.
Tüm yapı birimleri, çevre yollarla ilişkili olacak şekilde köşelere yerleştirilmiş, sebil ve çeşme gibi yapılarla hareketli bir çevre düzeni sağlanmıştır.