1833 yılında, Sultan II. Mahmud döneminde ilk büyük onarımını geçiren yapı, 1885 yılında Sultan II. Abdülhamid döneminde ikinci kez restore edilmiştir.
1941 yılında ise Vakıflar İdaresi tarafından üçüncü onarımı gerçekleştirilmiştir.
2008 yılında, Acıbadem Holding Yönetim Kurulu Başkanı Mehmet Ali Aydınlar, Kıbrıs’ta hayatını kaybeden oğlu Kerem Aydınlar anısına bu yapıyı yeniden restore ettirmiştir. Böylece, tarihi yapı, farklı dönemlerde önemli onarımlar görerek günümüze kadar ulaşmıştır.
- Öne çıkan özellikleri
Defterdarburnu ve İhmal Paşa Camii olarak da bilinir.
Cami, Ortaköy ile Kuruçeşme arasında, sahil kesiminde yer almaktadır.
Yol seviyesinin altında, çukurda kaldığı için camiye merdivenli bir yoldan inilerek ulaşılır.
Kargir bir yapı olup, kayıkhanelerin üstü ahşap olarak inşa edilmiştir.
Biri yukarıda merdivenli yol üzerinde, diğeri deniz kıyısında olmak üzere iki girişi bulunmaktadır.
Silindirik gövdeli ve tek şerefeli bir minaresi vardır.
Caminin doğu tarafında küçük bir hazire (mezarlık) bulunmaktadır.
Kanuni Sultan Süleyman’ın defterdarı İskender Çelebi tarafından yaptırılan eski bir mescidin yerine inşa edilmiştir.
Bugün caminin çevresinde eğlence mekânları yer almakta, yol kotunun üst kısmında ise Naile Sultan Korusu ve Boğaziçi Köprüsü’nün Avrupa Yakası ayakları yükselmektedir.