1894 İstanbul depremi sırasında çıkan yangında eski bina tahrip olmuş; Çapa’daki tarihî bina Mimar Kemaleddin tarafından 1900–1901 döneminde yeniden yapılmıştır.
Yerleşkede eğitim faaliyeti 1914’te bu tarihî binada sürmüştür.
1 Mart 1951’de bina “Yüksek Öğretmen Okulu” işleviyle bütün bölümleriyle yeniden faaliyete başlamıştır.
1972’de kurumun bir kısmı başka bir yerleşkeye taşınmış; bir yıl sonra Çapa’daki binada yeniden eğitim faaliyeti sürdürülmüştür.
1991’de kurum adı “Çapa Anadolu Öğretmen Lisesi” olmuştur; 2014’te “Çapa Fen Lisesi”ne dönüştürülmüştür.
2024’te tarihî okul binalarına yönelik restorasyon incelemeleri kapsamında yapı restorasyon gündemiyle anılmıştır.
2025–2026 döneminde okul binasında restorasyon başlayacağı duyurulmuştur.
Öne Çıkan Özellikleri:
Klasik Türk üslubunda inşa edilmiş, zemin kat dâhil dört katlı tarihî bir eğitim yapısıdır.
Zemin katta “Çinili Mescit” bulunduğu; cephede ve bazı iç mekânlarda turkuaz renkli Kütahya çinileri ile alçı işi bezemelerin öne çıktığı belirtilir.
“Tarihî 100 Lise” seçkisinde yer alan, Birinci Ulusal Mimarlık dönemiyle ilişkilendirilen bir okul binasıdır.