Külliye, 988/1580-81’de inşa edilen yapı topluluğunun parçasıdır; medresenin Mimar Sinan tarafından tasarlanıp 1588’deki vefatından sonra tamamlanmış olabileceği belirtilmiştir.
XIX. yüzyılda yapılan yapılar nedeniyle medrese ve hamam birimleri çevreden sınırlandırılmıştır; giriş önünde zemin kotunun yükselmesiyle medrese kotu aşağıda kalmıştır.
28 Eylül 1903 tarihli irade ve 4 Ekim 1903 tarihli belge üzerinden medreseye ilişkin bir onarım/masraf süreci tespit edilmiştir.
Medrese uzun yıllar Çocuk Esirgeme Kurumu’na devredilerek dispanser olarak kullanılmış ve bu süreçte yapı büyük ölçüde değişikliğe uğramıştır.
Medreseye bağlı kütüphane koleksiyonu 1918 yılında Süleymaniye Kütüphanesi’ne nakledilmiştir.
Yapının 1995’e doğru tahliye edildiği ve içindeki müdahalelerin büyük ölçüde yerinde bırakıldığı kaydedilmiştir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Yapı kare planlıdır; revaklı avlu etrafında kubbeli hücrelerden oluşur ve hazîre yönüne doğru çıkıntı yapan büyük kubbeli dershane-mescid birimi bulunur.
Medrese, revaklı avlu etrafında on sekiz kubbeyle örtülü on yedi hücre düzenine sahiptir.
Medrese, taş örgü ve tuğla hatıllı karma teknikle inşa edilmiştir.
Medrese bünyesinde 1216/1801 yılında kurulan kütüphane, vakıf düzeniyle işletilmiş ve koleksiyonun önemli kısmı tefsir ilmine dair eserlerden oluşmuştur.
Kütüphane koleksiyonu 1914’te Sultan Selim Kütüphanesi’ne, 1918’de Süleymaniye Kütüphanesi’ne nakledilmiş ve günümüzde orada muhafaza edilmektedir.