1782 yangını külliyede büyük felâket oluşturmuştur; medrese bölümü de bu tahribattan etkilenmiştir.
1914 tarihli kayıtlarda harap durumda olarak değerlendirilmiştir.
1918 Cibali-Fatih yangını sonrası külliye uzun süre bakımsız kalmıştır; medresenin revaklarının büyük bölümü yanmıştır.
1960’ların başında medrese bölümü bir malzeme deposu olarak kullanılmıştır; 4 Ağustos 1963 tarihli kararla külliyenin restorasyonu gündeme alınmış ve medrese bölümü kısmen tamir edilmiştir.
1991’de yeniden onarım görmüştür.
Öne Çıkan Özellikleri:
Cami, medrese, dârülkurrâ, sebil, çeşme ve türbeden oluşan bir külliyenin eğitim yapısıdır.
Avlusu medrese odalarıyla çevrili cami-külliye düzeni İstanbul’da ayırt edici bir örnektir.
Medrese 15 odalıdır; avlunun üç tarafında odalar ve odaların önünde sütunlu revak düzeni vardır.
Medrese, gayrimuntazam bir alanı işgal eden yerleşimiyle klasik medrese şemasını arsa dokusuna uyarlayan bir plan karakteri gösterir.
18 Nisan 1609 tarihli hükümde cami ve medreseye gerekli suyun verilmesi emredilmiştir.