1759’da yıkılan önceki kilisenin ardından, 19. yüzyıl başlarında yapı bu kez ahşap olarak yeniden inşa edilmiştir.
1838’de mevcut kilise, görkemli bir kâgir bina olarak yeniden yapılmıştır.
1987’de yapı kapsamlı biçimde yenilenmiştir.
1993’te avluya Garabed ve Sarkis Balyan büstleri yerleştirilmiştir.
2013’te tamamlanan köklü onarımın ardından kilise yeniden ibadete açılmıştır.
Öne Çıkan Özellikleri:
Kilise Türkiye Ermenileri Patrikliği’ne aittir.
1623 tarihli kayıtta Beşiktaş’ta iki papazı olan bir şapel olarak anılmış; 1661 ve 1681-1684 yıllarını kapsayan dönemde de bölgede küçük bir kilisenin varlığına dair tanıklık aktarılmıştır.
18. yüzyıl tarihçisi Sarkis Tıbir Sarraf-Hovhannesyan’a göre kilise 1759’da yıkılmıştır.
Yıkılan kilisenin, Eğinli Yakup Amira’nın bağışlarıyla yapılmış olduğu; izinsiz genişletildiği gerekçesiyle yıkıldığı bilgisi aktarılmıştır.
Kubbeli yapıların yasak olduğu dönemde, dışarıdan belli olmayan bir iç kubbeyle donatılmış nadir örneklerden biri olarak tarif edilmiştir.
Kubbe ve duvar bezemelerinin batı üslubunu yansıttığı; iç duvarların büyük simetrik resimlerle süslendiği belirtilmiştir.
Kilisenin güney duvarının dış yanında Harutyun (Artin) Paşa Dadyan’ın (1830–1901) kabri bulunduğu kaydedilmiştir.
Kilisenin yanına Makruhyan okulunun inşa edildiği bilgisi aktarılmıştır.