1918 yılında çıkan büyük yangında hasar görmüş ve 1940–1942 yıllarında minaresinin kaidesine kadar yıkıldığı bildirilmiştir.
Arsası, bir dönem gecekondular tarafından işgal edilmiştir; ancak İstanbul Büyükşehir Belediyesi’nin desteğiyle üzerindeki gecekondular kaldırılmış ve aslına uygun şekilde yeniden restore edilerek 2011 yılında ibadete açılmıştır.
- Öne çıkan özellikleri
Cami, orijinal olarak mescit olarak inşa edilmiş olup, zamanla Ahmet Paşa Camii olarak da anılmıştır.
Altı Poğaça lakabı, caminin kuruluşuyla ilgili ilginç bir rivayete dayanmaktadır; bu rivayete göre, Fatih Sultan Mehmed’in ekmekçibaşı her sabah altı adet poğaça getirmiştir.
Yapı, orijinal malzemelerden büyük oranda yıkılmış olsa da, 2011 restorasyonunda kiremit örtülü çatı, mermer mihrab, ahşap minber ve betonarme, tek şerefeli minare gibi unsurlar modern tekniklerle yeniden inşa edilmiştir.