أسس سنان الدين يوسف الأردبيلي التكية عام ١٥١٧م بإضافة خلايا (غرف للدراويش) إلى منزله الواقع بالقرب من جامع آيا صوفيا.
تأسس وقف التكية بموجب حجة وقف مؤرخة في ١٢ ديسمبر ١٥٣٩م (٩٤٦هـ).
سارت التكية في الفترة ما بين ١٥١٧ و١٩٢٥م وفق نظام مشيخة وتولية يتولاه رجال من العائلة نفسها.
أُعيد بناء التكية أربع مرات منذ تأسيسها؛ ويعود تاريخ البناء الثاني إلى أوائل القرن السابع عشر.
بُني مبنى التكية الواصل إلى يومنا هذا بعد عام ١٩١٦م؛ ويقوم البناء حالياً بكتلة معمارية مزاحة نحو اليمين مقارنة بموقعه القديم.
انتهت وظيفة التكية مع إغلاق التكايا والزوايا عام ١٩٢٥م.
خضع قسم “التوحيد خانة” للترميم عام ٢٠٠٩م؛ واستُخدم لفترة من الوقت تحت اسم “قاعة مصطفى أونجل في تكية جعفرية”.
خصائصه بارزة:
تُعرف التكية أيضاً باسم “تكية جعفرية”.
بدأت الهوية الصوفية للتكية على النهج “الخلوتي السنبلي”؛ وفي القرن التاسع عشر تولى مشيختها شيوخ “جلوتيون”، بينما تولى مشيختها في الفترة الأخيرة شيوخ “نقشبنديون”.
يُشار إلى مبنى التكية في النقش بعبارة “مسكن سنان دده”.