نشب الحريق الأول في عام ۱۷۲۲، وبعد أن احترق المسجد بالكامل، أعاد بناءه فيز الله أفندي.
في القرن التاسع عشر، تعرض المسجد مرة أخرى لحريق، وفي هذه المرة، في عهد السلطان عبد العزيز، تم إعادة بنائه في عام ۱۸۹۱ بمئذنة واحدة وقبة واحدة.
خصائصه البارزة:
مسجد قوزيلجي قاسم باشا، تم بناءه بواسطة قاسم باشا قوزيلجي، الذي ساعد في نقل الأسطول العثماني من جاليبولي إلى القرن الذهبي في عهد السلطان سليمان القانوني. كانت الهيكل الأول للمسجد خشبياً، وقد وصل إلى حالته الحالية بعد حرائق وترميمات.
المسجد ذو تخطيط مربع، ويحتوي على أماكن عبادة منخفضة الكتلة على جانبي المكان الرئيسي. هذه الميزة تجعل المسجد يمتلك مفهوم تخطيط مختلف.
المدخل الرئيسي للمسجد يقع تحت سقف مغطى بالرصاص على ستة أعمدة. يقع مكان النساء في الطابق العلوي ويمكن الوصول إليه عن طريق السلم في الزاوية اليمنى.المكان الداخلي مشرق وواسع للغاية. القبة ذات الثمانية أضلاع تكمل الهيكل الجمالي للمسجد.
المنبر في الجهة الجنوبية من المسجد مصنوع من الرخام، والزخارف ملونة. في الزاوية اليمنى يوجد منبر من الرخام، وفي الجهة الشرقية يوجد منبر للواعظ من الرخام
المسجد مزخرف داخلية بالعديد من الزخارف التي ترسمها الفرشاة. خاصة في النصف الثاني من القرن التاسع عشر، تظهر الزخارف الكبيرة الحجم التي كانت شائعة في تلك الفترة.
في فناء المسجد، يوجد نافورة فيز الله أفندي التي تعود إلى عام ۱۷۳۷، وسبيل ماء يعود إلى عام ۱۸۷۰.