يذكر أنه تم بناءه بواسطة هبت اللّه سلطان (ابنة السلطان عبد الحميد الأول من فاطمة شبئ صفى).
معمار
غير معروف
- التغييرات التي طرأت عليه بعد بناءه
يوجد نقش يشير إلى أنه تم ترميمه أو إعادة بنائه في عام ١٨٩٧-١٨٩٨.
- خصائصه بارزة
يحمل المبنى اسمه من ابنة السلطان أحمد الثالث، خديجة سلطان.
جامع خديجة سلطان هو مبنى يعكس خصائص العمارة العثمانية في القرن السابع عشر.
الجامع له منارة قصيرة ولكنها سميكة، باللونين الأخضر والأبيض، وذات شرفة واحدة.
الهيكل المعماري للمسجد ذو تصميم مربع وسقفه مغطى بالقرميد.
في مدخل المسجد، يوجد نقش يعود إلى عام ١٨٩٧-١٨٩٨ باللغة العثمانية، يذكر مساهمة سيدة خيرية في بناء المسجد. من المحتمل أن يكون المسجد قد تم إعادة بنائه في هذا التاريخ. ينص النقش على تسمية المسجد بـ “جامع أحمد باشا”.
في النقش الموجود على نافورة المسجد، والتي تعود إلى عام ١٩٠٦، يذكر أن النافورة قد تم بناؤها بواسطة سيدة خيرية من أجل الدعاء لروح ماحيدة خانم التي توفيت في سن مبكرة.