مئذنة المسجد أُعيد بناؤها من الجزء الأوسط خلال أعمال الترميم في عام ۱٨٥٥، حيث تم تركيب سقالة للعملية.
في عام ۱٩۱۳، تم تجديد النوافذ المصنوعة من الزجاج الملون والجص بواسطة الحرفي من بورصة توفيق.
في عام ۲۰۱۱، خضع المسجد والضريح والحمام لترميم شامل. تم ترميم الأجزاء الأخرى من المجمع في عام ۲۰۱٥.
تم استخدام المدرسة لسنوات طويلة لأغراض مختلفة، ثم تم إخلاؤها وتركها في حالة من الإهمال، وبعد ذلك تم أخذها من قبل وقف لترميمها.
خصائصه البارزة:
جامع كليتش علي باشا، تم بناؤه بواسطة المعمار سنان مستوحى من عمارة آيا صوفيا. يعتبر مع قبابه والقباب نصفية بمثابة تعديل صغير على آيا صوفيا.
يروى ان القبطان علي باشا طلب من السلطان مراد الثالث قطعة ارض مناسبة لبناء مسجد، إلا أن السلطان أمره ببناء المسجد على البحر نظرا لكونه قائدا للاسطول. ونتيجة لذلك اتفق القبطان علي باشا مع المعمار سنان وبدآ في إنشاء المسجد بجانب رصيف طوبخانة عن طريق ردم البحر بالحجارة والانقاض ولهذا السبب يقال ان مسجد القبطان علي باشا هو أول مسجد بني على البحر
الجامع عبارة عن مستطيل كامل، ويغطي المحراب قبة نصفية. قام المعمار سنان بتطبيق الخصائص الهيكلية والجمالية لآيا صوفيا في شكل أصغر وأكثر تطورًا.
المسجد مغطى بقبة رئيسية ذات نوافذ وقاعدة مستديرة، تتكئ على أربعة أعمدة رئيسية، ويتم الانتقال إلى القبة بواسطة القباب المعلقة.
تم تزيين مكان الصلاة والمداخل في المسجد بالبلاط الشهير من إزنيق في القرن السادس عشر. تم تغليف المحراب وجدار القبلة بالبلاط، ويبرز المحراب والمنبر المصنوعين من الرخام الأبيض بمهارة رائعة في العمل.
كتبت خطوط المسجد من قبل الخطاط دميرجي كولو يوسف أفندي الذي كان معاصرا للمعمار سنان