أدّى إعدامُ قارا أحمد باشا في ٢٩ أيلول ١٥٥٥ إلى انقطاعِ مسارِ تشييدِ المجمّع.
ومع أنّ الوقفيةَ تضم أيضًا الزاويةَ والعامرةَ/الإمارة، فإنّ المجمّعَ يقتصر اليوم، من دون هاتين الوحدتين، على المسجدِ والمدرسةِ والتربةِ وصِبيان مكتبِي.
وقد فُتح مبنى المدرسة، في فتراتٍ مختلفة من القرن العشرين، لاستخداماتٍ سكنية؛ وأدّت هذه الاستخداماتُ إلى تدخلاتٍ أرهقت أصالةَ المبنى.
خصائصه بارزة:
تُعرَف أيضًا باسمَي «مدرسة قارا أحمد باشا» و«مدرسة أحمد باشا».
ويُعَدّ الفناءُ الداخلي للمسجد هو فناءَ المدرسة؛ إذ تُحيط المدرسةُ بهذا الفناء من ثلاث جهات.
وتصف الوقفيةُ المدرسةَ بأنها ذاتُ تنظيمٍ يضم ستَّ عشرةَ غرفةً وقاعةَ درس.
وتقع قاعةُ الدرس في الجهة المقابلة للباب الرئيس للمسجد؛ وعلى جانبيها ثماني خلايا في كل جانب.