احترق المبنى الأول، الذي يُقدَّر أنه من بقايا العصر البيزنطي، سنة ١٦٠٠.
وفي عهد السلطان مصطفى الثالث أُعيد بناء الكنيسة سريعًا من الخشب بإذن من السلطان؛ ثم احترق هذا المبنى الخشبي أيضًا في حريق كبير لاحقًا.
وشُيّدت الكنيسة الحجرية ذات السقف الخشبي القائمة اليوم سنة ١٨٣٧.
والمبنى مفتوح للعبادة من جديد منذ ٦ ديسمبر ١٩٩٨.
وتُظهر السجلات المؤرخة في سنوات ١٥٣٨ و١٥٧٦ و١٦٥٢ أن الكنيسة زِيرَت في فترات مختلفة، وأنها ذُكرت مع الحرائق والعين المقدسة.
خصائصه بارزة:
الكنيسة تابعة لبطريركية الروم في إسطنبول.
وتقع في آيا قابي على ساحل القرن الذهبي، على شارع عبدالأزل باشا، وتُعد من بين الكنائس الكبيرة في إسطنبول.
ويُوصف الفضاء الداخلي بنظام من الأقبية تحملها اثنا عشر عمودًا خشبيًا كبيرًا ترتكز على الجدران الأربع؛ أما التغطية العلوية فهي على هيئة سقف مكسو بالقرميد.
وللكنيسة برج أجراس مشيد بالحجارة؛ ووفقًا للرواية، فإن الجرس الكبير أهداه قيصر روسيا نيقولا الذي يحمل اسم القديس.
ومن العناصر اللافتة في المبنى الأيقونسطاس المصنوع كله من الرخام، والذي يبرز بزخرفته النحتية البارزة.
وقد ذُكرت الكنيسة وعينها المقدسة معًا في المصادر حتى بعد حريقي سنتي ١٦٠٠ و١٦٣٣.