بعد الحريق، مُنحت وثيقة ملكية وترميم بفرمان مؤرخ سنة ١٦٢٣ من أجل إصلاح المبنى.
واحترق المبنى سنة ١٦٤٠.
وفي سنة ١٦٨٦ نُقلت الكنيسة ومنشآتها الملحقة إلى دير القديسة كاترينا في جبل سيناء؛ ثم أُعيد بناؤها بمساعدة الروس.
وتعرض المبنى لحريق آخر سنة ١٧٣٠؛ ثم أعاد كريتلي نيكيفوروس إنشاءه.
وتؤكد نقوش الكنيسة الكتابية أن المبنى خضع للترميم في مطلع القرن الثامن عشر وفي القرن التاسع عشر.
وفي سنة ١٩٧٤ عُرِّف المبنى بوصفه أثرًا قديمًا يجب الحفاظ عليه؛ ثم وجد نفسه في ثمانينيات القرن العشرين قائمًا في وسط مساحة خالية بعد أعمال الهدم التي طالت محيطه.
وجُدد الدرج الخشبي المؤدي إلى المعرض في أكتوبر سنة ٢٠١٠.
خصائصه بارزة:
المبنى هو متوخيون استُخدم ممثليةً لدير القديسة كاترينا في جبل سيناء في إسطنبول.
والمبنى مكرس ليوحنا المعمدان؛ ويُعرف أيضًا باسم كنيسة طور سيناء وكنيسة متوخيون يوأنّيس برودروموس في بالاط قاپي.
وتُفتح الكنيسة للعبادة في أعياد محددة، في أيام يوحنا المعمدان وآيا كاترينا.
ويضم الموقع، إلى جانب الكنيسة، وحداتِ مكتبةٍ وبيتَ كاهن/دارَ ضيافةٍ وعينًا مقدسة؛ وتقع العين المقدسة والبئر في الرواق الجانبي الجنوبي الشرقي.
وشُيّد المبنى وفق نظام بازيليكي ذي ثلاثة أروقة؛ ويفصل الرواقَ الأوسطَ عن الرواقين الجانبيين ثمانيةُ أعمدة.
وتوجد في الجدران بيوتٌ للطيور؛ ويرتبط هذا التفصيل بتقليد بيوت الطيور المعروف في الجغرافيا العثمانية.
ويُحفَظ اليوم تصويرُ اليد القائم فوق الباب في حديقة البطريركية الأرثوذكسية الرومية في فنر.