تضرر المسجد نتيجة للزلازل العنيفة التي حدثت في القرون التي تلت الفتح، وفي زلزال وقع في القرن الثامن عشر دُمر تمامًا ولم يبقَ منه سوى المئذنة.
في القرن التاسع عشر، تشكلت حي غير منتظم داخل القلعة، وأصبحت بقايا المسجد محصورة بين المباني المحلية.
أثناء أعمال الترميم بين عامي ۱۹۵۳ و۱۹۵۸، تم ترميم قلعة روملي، بينما تم إهمال المسجد وتحويل منطقة المسجد إلى ساحة حفلات موسيقية.
بين عامي ۲۰۰۹ و۲۰۱۵، تم اعتماد مشروع ترميم المسجد بمبادرة من بلدية إسطنبول الكبرى من قبل لجنة الحفاظ على المنطقة. بدأت أعمال الترميم في عام ۲۰۱٤ وانتهت في نهاية عام ۲۰۱۵، وتم فتح المسجد أمام المصلين مرة أخرى.
خصائصه البارزة
:
يعد مسجد بوغازكسن أول مسجد في إسطنبول، وقد بني فوق خزان مائي قديم داخل قلعة روملي.
يُعرف هذا المسجد في قلعة روملي أيضًا بمسجد أبو الفتح.
تم إعادة بناء المسجد الذي بُني فوق السَّرْنِجِ بعد الترميم، مع الحفاظ على التصميم الأصلي.
بعد أن تم إهماله لسنوات طويلة، تم إعادة فتح المسجد للعبادة بعد ترميمه في عام 2015، ويستمر في خدمة المصلين.