تم تغطية المسجد بالجص في عام ١٩٨٣، وقد شهدت بنية المسجد بعض التغييرات في هيكله الأصلي.
بسبب المساحة الضيقة التي بُني فيها المسجد، تم اتباع شكل الطريق في تصميمه. منارته، التي لم تتسع في الجهة اليمنى، تم وضعها في اتجاه المحراب وبنيت بشكل منفصل عن المسجد. هذه الحالة لا توجد في أي مسجد آخر في إسطنبول.
تم وضع منبر المسجد بواسطة الشيخ عبد الله أفندي، الذي كان إمامًا لمسجد أرابجي في أيوب سلطان. المحراب يمتد إلى الخارج، وتم تدمير المقبرة في الجزء الأمامي مع مرور الوقت.
- خصائصه بارزة
يعرف أيضا بمسجد كريم آغا.
تم بناء المسجد من الحجر المقطوع وله سقف خشبي.
من اللافت أن المسجد بني في مساحة ضيقة. بالإضافة إلى ذلك، كان قبر زينب خاتون يقع في نهاية شارع الترب، على تل مرتفع، ولكن لم يعد موجودا اليوم.
المقبرة محاطة بأسوار حديدية، وقد تم بناء التابوت لاحقا ولا يوجد عليه نقش أو شاهد قبر.
وفقا لما يقوله سكان الحي، كان قبر زينب خاتون يقع أمام باب المسجد، لكن لا يوجد له أثر اليوم.
جامع زينب خاتون يعد من الأعمال النادرة التي أنشأتها نساء في العصر العثماني، مما يجعله ذا أهمية خاصة.