Fetih sonrasında Ayasofya’nın kuzeybatısındaki “Papaz Odaları” medrese işleviyle kullanıma açılmıştır.
Sultan Abdülaziz döneminde 1869-1874 yılları arasında yapı yıktırılarak eski temeller üzerine yeniden inşa edilmiştir.
1924 yılında yapı öksüzler yurdu işleviyle kullanılmıştır.
1934’te Ayasofya’nın müze idaresine devrinden sonra yapı bir süre daha yurt işleviyle kullanılmış; 1935’te boşaltılmıştır.
1936 yılında yapı tamamen yıktırılmıştır.
1985-1986 yıllarında alanda yapılan çalışmalarla medresenin temel kalıntıları ortaya çıkarılmıştır.
11.12.2017 tarihinde rekonstrüksiyon sürecinin ilk etap uygulamasına başlanmıştır.
Yapı, tarihî temelleri üzerinde aslına uygun rekonstrüksiyon yaklaşımıyla yeniden inşa edilmiştir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Yapı, Ayasofya-yı Kebîr Medresesi adıyla da anılmıştır.
Ayasofya’nın fetih sonrasında ilim ve eğitim merkezi düzeninin parçası olarak medrese işleviyle kurgulanmıştır.
1915 tarihli kayıtta medresenin alt katta 14, üst katta 18 olmak üzere toplam 32 odası; avlusu ve şadırvanı bulunduğu kaydedilmiştir.
Yapının avlusunda taş döşeli revaklı bir düzen ve şadırvan bulunduğu; kütlenin Ayasofya’nın kuzeybatı köşesine bitişik konumlandığı tarif edilmiştir.
Mevcut fotoğraflar üzerinden, avlu revaklarında ahşap paye ve yayvan kemer düzeni ile XIX. yüzyıl Tanzimat üslubunu yansıtan bir cephe karakteri tespit edilmiştir.