Die Moschee war nach dem schweren Erdbeben von 1766 in Istanbul wieder aufgebaut worden.
Die Moschee wurde 1771 auf Anordnung von Sultan Mustafa III. erneut aufgebaut und erhielt ihre heutige Form.
Von der ursprünglichen Struktur blieben nur die Mihrab- und Minarettbasen erhalten.
Hervorstechende Merkmale:
Man geht davon aus, dass sich die Kirche der Heiligen Apostel an der Stelle befand, an der heute die Moschee steht, und dass sich das kaiserliche Plyandrion um die Kirche herum befand.
Die Fatih-Moschee ist eines der herausragendsten Beispiele der klassischen osmanischen Architektur.
Das Innere ist ein Beispiel für den klassischen osmanischen Moscheenplan mit seiner großen Kuppel und den kleineren Halbkuppeln, die sie stützen.
Das Grab von Sultan Mehmed II. (Eroberer von Istanbul) befindet sich ebenfalls innerhalb des Komplexes.
Um den Innenhof herum befinden sich verschiedene Gebäude wie eine Medresse, eine Bibliothek, ein türkisches Bad und ein Krankenhaus.