Yapımından Sonraki Değişiklikler
Yapı, Emîr Buhârî’nin çevresinde oluşan Nakşibendi tekke yerleşiminin mescidi olarak Sultan II. Bayezid tarafından yaptırılmış; tekkeye ait yapıların büyük bölümü zaman içinde ortadan kalkmıştır.
Minberi, Sultan IV. Murad sadrazamlarından Bayram Paşa tarafından kondurularak camiye çevrilmiştir.
Geçirdiği yangınlar sebebiyle yıllar içinde hasar gören ve metruk hale gelen cami, 1965'te halkın ve Cami İhya ve Koruma Derneği'nin yardımlarıyla günümüzdeki halini almıştır.
Öne Çıkan Özellikler
Yapı, Nakşibendi tekke yerleşiminin mescid-tevhidhânesi (tekke mescidi) olarak da anılmıştır.
Emîr Buhârî, Nakşibendiyye’yi İstanbul’da yayan ilk mutasavvıflar arasında yer alır; II. Bayezid, taliplerin artması üzerine burada mescid ve derviş hücreleri yaptırarak mekânı Nakşibendi tekkesine dönüştürmüştür.
Emir Buhârî'ye ait olduğu söylenen asa, fes, heybe, kılıç ve kılıf gibi bazı eşyalar cami içinde muhafaza edilmektedir.
Emir Ahmed Buhârî, cami bitişiğindeki türbesinde medfundur. Avlusundaki hazirede başta Memi Can Efendi olmak üzere birçok Nakşibendi şeyhine ait kabir bulunmaktadır.
