1766 yılında yaşanan büyük İstanbul depreminde ciddi hasar görmüş ve yeniden inşa edilmiştir.
1771’de Sultan III. Mustafa tarafından yeniden yaptırılmış ve bugünkü halini almıştır.
Asıl yapıdan sadece mihrabı ve minare kaideleri korunabilmiştir.
- Öne çıkan özellikleri
Caminin bulunduğu konumda, Havariyyun Kilisesi’nin yer aldığı ve bu kilisenin çevresinde Doğu Roma imparatorlarının lahitlerinin (günümüzde İstanbul Arkeoloji Müzesi’nde yer almaktadır) de bulunduğu tahmin edilmektedir.
Osmanlı klasik dönem mimarisinin en önemli örneklerinden biridir.
İç mekanında geniş kubbesi ve yarım kubbelerle desteklenen klasik Osmanlı camii planı bulunmaktadır.
Fatih Sultan Mehmet’in türbesi de cami külliyesi içerisinde yer almaktadır.
Cami avlusu etrafında medreseler, kütüphane, hamam ve darüşşifa gibi çeşitli yapılar bulunmaktadır.