Külliye 1782 yangınında harap olmuştur; aynı dönemde tamir edilmiştir.
1908 yangınından sonra çevresi harap hâle gelmiştir; yapı yeniden kullanılabilir duruma getirilmiştir.
1943-1944 yıllarında onarım yapılmıştır; yapı Şehir Müzesi işleviyle düzenlenmiştir.
Daha sonra Karikatür ve Mizah Müzesi olarak düzenlenmiştir; 1994’te müzenin kapatılmasına dair tartışmaların ardından yapı müze işleviyle korunmuştur.
2014’ten itibaren yapı eğitim ve kültür faaliyetleri için kullanılmaktadır.
Öne Çıkan Özellikleri:
Külliye medrese, türbe ve sebilden oluşur.
Yapı, bir camiye bağlı olmaksızın yalnız medrese merkezli kurulan küçük külliyelerin erken örneklerindendir.
Dış avlu içinde çokgen planlı türbe ve sebil yer alır; avluda kabirlerden oluşan küçük bir hazîre bulunur.
İç avluda baklavalı başlıklı mermer sütunlara oturan revaklar ve çevresinde talebe hücreleri vardır; giriş aksında kare planlı, kubbeli mescid-dershane yer alır.
Avlu ortasındaki şadırvan 1943-1944 onarımında yapılmıştır; ilk yapım evresinde şadırvanın varlığı kesin değildir.
Bozdoğan Su Kemeri’ne çok yakın konumu yapıda rutubet sorununu artırmıştır.
Vakfiyede medrese 17 hücreli olarak tanımlanır; talebeler her sabah namazı sonrası vâkıfın ruhu için Kur’an okur.
Medresenin açılışı ve ilk müderris ataması üzerine Şehnâmeci Seyyid Lokman’ın manzumesi bulunur.