Kara Ahmed Paşa’nın 29 Eylül 1555’te idamı üzerine külliyenin inşaat süreci kesintiye uğramıştır.
Vakfiyede zâviye ve aşhane-imaret de yer almasına rağmen külliye günümüzde bu birimler olmaksızın cami, medrese, türbe ve sıbyan mektebiyle sınırlıdır.
Medrese yapısı, XX. yüzyılda çeşitli dönemlerde barınma amaçlı kullanımlara açılmış; bu tür kullanımlar yapının özgünlüğünü zorlayan müdahalelere yol açmıştır.
Öne Çıkan Özellikleri:
Kara Ahmed Paşa Medresesi ve Ahmed Paşa Medresesi adlarıyla da anılır.
Caminin iç avlusu medrese avlusudur; medrese bu avluyu üç taraftan sarar.
Vakfiyede medrese “on altı oda ve bir dershane” düzeniyle tarif edilir.
Dershane, caminin cümle kapısı karşısında yer alır; dershanenin iki yanında sekizer hücre bulunur.
Hücreler kare planlı ve tek kubbelidir; dershanede tromplu kubbe düzeni görülür.
Dershanenin iki yanında dar geçitler yer alır; bu geçitler dış bahçeye ve hela bölümüne bağlantı verir.