Mimar Sinan tarafından 1550 yılında imaret eklendi.
Sedefkar Mehmet Ağa tarafından 1612’de caminin doğu tarafına bir kubbe eklenerek cami genişletildi.
Çeşitli yangın ve depremlerde zarar görmüş, en son 1963-1974 yılları arasında kapsamlı bir restorasyon geçirmiştir.
- Öne çıkan özellikleri
Külliye; cami, medrese, sıbyan mektebi, imaret, darüşşifa ve çeşmeden oluşmaktadır. Haseki Caddesi külliyeyi ikiye ayırmaktadır.
Cami, başlangıçta tek kubbeli olarak inşa edilmiştir, daha sonra eklenen kubbe ile enine dikdörtgen planlı hale getirilmiştir.
Caminin medresesi, üç yanı odalarla çevrili bir avludan oluşur. Medreseye, cami kapısının karşısındaki iki kapıdan girilir.
Kompleks içerisinde yer alan sıbyan mektebi, medresenin yanında, kare planlı bir oda ve ona bitişik revaklı yarı açık bir bölümden oluşmaktadır.
Caminin imareti baklavalı başlıklı mermer sütunlar ile desteklenen revaklar arasında beş ana bölümden oluşur. 10 kubbeli fenerli yapısıyla dikkat çeker.
Darüşşifa, sekizgen avlunun beş köşesine yerleştirilmiş her biri altı odalı iki bölümden oluşmaktadır.
Darüşşifanın esas girişi bir alt sokakta çeşme bulunmaktadır.
Hürrem Sultan, vakfiyesinde artan paranın kölelerin serbest bırakılmasına harcanmasını şart koşmuştur. Ayrıca külliyede çalışanların hastalara ve yoksullara kibar ve anlayışlı davranmasını istemiştir.