Ceneviz idaresi sırasında yapılan San Antonio Kilisesi 1606 yılında Hristiyanlardan alınmış, bir süre sonra kalıntısı üstünde 1642’de Sadrazam Kemankeş Mustafa Paşa tarafından kendi adıyla anılan bir cami yapılmıştır.
Caminin yanındaki sübyan mektebi ve çeşme, 1732 yılında Reisülküttab İsmail Efendi tarafından eklenmiştir.
1766 yılında onarım geçirmiştir.
- Öne çıkan özellikleri
Caminin giriş kapısının iki yanında Hz. Süleyman’ın mührü olarak bilinen altı köşeli yıldız motifleri yer almaktadır. Bu motif, Osmanlı eserlerinde de kullanılmıştır.
Banisi Kemankeş Kara Mustafa Paşa, okçuluk becerileri nedeniyle “Kemankeş” lakabını almıştır ve Osmanlı’nın önde gelen sadrazamlarından biri olarak kabul edilir.