1835 yılında Pertev Paşa tarafından tamir edilmiş ve şeyh evi, derviş hücreleri, müştemilat (eklentiler) eklenmiştir.
Ahşap olan ek yapılar zamanla harap olmuş, yerlerine özel mülkler yapılmıştır.
1930’larda hünkâr kasrı ortadan kalkmış, 1940’larda bazı yapılar yıkılmış ve Zeynep Kamil Hastanesi genişletilmiştir.
2015 yılında kapsamlı bir restorasyon geçirmiştir.
- Öne çıkan özellikleri
Selimiye Tekkesi Camii, Çiçekçi Camii ve Behçet-i Konevî Camii olarak da bilinen yapı, dikdörtgen planlı ve taş bir yapı; moloz taş ve tuğladan yapılmış, kırma çatısı kurşun kaplıdır.
Tek minareli ve tek şerefeli olup, cami-tevhidhâne, hünkâr kasrı ve hazîreden oluşmaktadır.
İç mekân, empire ve Osmanlı barok üsluplarının izlerini taşıyan ahşap işçilik ve süslemelerle donatılmıştır.
Cümle kapısı, Pertev Mehmed Said Paşa’nın yazdığı, Yesârîzâde Mustafa İzzet Efendi’nin hattıyla süslenmiş manzum kitâbeye sahiptir.
Caminin kuzeydoğu köşesinde ince mermer sütunların desteklediği hünkâr kasrı yapıya özgün bir güzellik katmıştır.