Kilise 25 Nisan 1696 yangınında yanmış, yeniden inşa edilerek 14 Eylül 1698’de ibadete açılmıştır.
Kilise 1731’de tekrar yanmış, yeniden inşa edilerek 1 Ekim 1734’te ibadete açılmıştır.
Yapı 1840’ta Sultan Abdülmecid döneminde temelden yenilenmiştir; günümüze gelen ana kütle bu yenileme sonucunda oluşmuştur.
Şubat 1924’te yapı Galata’daki Türk Ortodoks Patrikhanesi’nin merkezi olarak kullanılmaya başlamıştır.
Öne Çıkan Özellikleri:
Kilise Bağımsız Türk Ortodoks Patrikhanesi’ne aittir.
Yapı “Kefeli Kilisesi” ve “Merkez Meryem Ana Kilisesi” adlarıyla da anılmıştır.
Kaynaklarda kilisenin, Kırım’daki Kaffa (Kefe) kökenli Urum cemaatle ilişkilendirilen bir kuruluş geleneği bulunduğu kaydedilmiştir.
Yapı Hz. Meryem’e ithaf edilmiştir; Doğu kilise geleneğinde bu ithaf “Panayia” adıyla ifade edilmiştir.
Kilisenin kuzey nefinde “Hodogetria Meryem” ikonunun bulunduğu bilgisi kaynakta yer almıştır.
İstanbul’un Fethi’nden sonra başlayan göçler sırasında 1475 yılında Kefe’den İstanbul’a gelen Urum cemaatinin yanlarında getirdiği Kara Meryem ikonası için kilise inşa ettikleri, bu sebeple kilisenin adının Meryem Ana Kilisesi olduğu belirtilmiştir.