1729 ve 1780 yangınlardan büyük zarar görmüş, ikincisinden sonra yapı zeminden başlayarak ve büyük ölçüde yenilenerek günümüzdeki görünümünü almıştır
En son 1973 yenilenerek cami ibadete açılmıştır.
- Öne çıkan özellikleri
Kareye yakın planlı, ahşap tavanlı ve kırma çatılı olan cami, moloz taş malzeme kullanılarak yığma sistemde inşa edilmiştir. Harim mekânında, kuzey duvarında yer alan fevkanî (yüksek) bir mahfil bulunmaktadır.
Caminin kuzeybatı köşesindeki poligonal gövdeli minare, şerefeye kadar özgün yapısını korumuştur.
Caminin üç yönünü saran hazirede, 18. ve 19. yüzyıllara tarihlenen çok sayıda mezar taşı yer almaktadır.
Caminin kuzeydoğusuna bitişik olarak inşa edilmiş 18. yüzyıla tarihlenen bir sıbyan mektebi bulunmaktadır. Caminin cadde tarafında 2. Mahmut için kızı Mihrimah Sultan tarafından yaptırılmış Barok tarzda bir çeşme ve caminin bitişiğinde Rami Paşa tarafından yaptırılmış bir Sıbyan Mektebi bulunmaktadır.
Evliya Çelebi, camiyi çevreleyen bahçeli yapılarla Nişancı Paşa Camii’ni bölgedeki en güzel camilerden biri olarak tanımlamış ve vaktiyle camiye ait bir hamamın bulunduğunu belirtmiştir.