После пожара в 1917 году некоторые части комплекса были повреждены, а в 1925 году во время расширения дороги Ускюдар-Бейкоз были разрушены окружающие мечеть стены, три входа во двор и кладбище.
После землетрясения 1894 года, минарет мечети был обновлён.
На протяжении 20 века было проведено несколько ремонтов, и гробница с мечетью сохранились до наших дней.
- Примечательные особенности
Мечеть Иска́ндера Паши была построена Мимаром Синаном и изначально включала мечеть, медресе, гробницу и хамам. Части хамама и медресе не сохранились до сегодняшнего дня.
Мечеть имеет прямоугольный план и является одной из крытых мечетей Мимара Синана, представляя собой элегантный пример классической османской архитектуры.
Стены мечети выложены из камня, а на фасадах расположены два ряда окон: нижние окна прямоугольные, а верхние – с заостренными арками и штукатурными решетками.
Мечеть имеет преддверие, которое позднее было закрыто деревянными стенами. На северном фасаде, где находится главная дверь, расположены в общей сложности тринадцать окон, расположенных в несколько уровней.
Минарет, находящийся на северо-западном углу, имеет квадратное основание и многоугольное сечение. Изящные мукарнасы под шарифой являются прекрасным примером классической османской каменной резьбы.
Внутри мечети находится деревянный потолок, а по рассказам Эвлия Челеби, когда-то крыша мечети была покрыта свинцом.
Окна и двери в основном зала украшены изящными произведениями османского искусства. Над дверью находится арабская надпись, состоящая из трёх строк, написанных с использованием каллиграфии сулюс.
Гробница Газии Иска́ндера Паши и его сына Ахмеда Паши имеет каменные стены и деревянную крышу, освещается шестнадцатью окнами, расположенными на всех четырёх фасадах