После пожара для ремонта фирманом 1623 года были выданы документы, подтверждающие владение и право на восстановление.
В 1640 году здание сгорело.
В 1686 году церковь и её дополнительные постройки были переданы монастырю святой Екатерины на Синае; затем они были заново построены при помощи русских.
В 1730 году здание вновь пострадало от пожара; после этого оно было заново построено Критянином Никифором.
Надписи церкви подтверждают, что здание проходило ремонт в начале XVIII века и в XIX веке.
В 1974 году оно было определено как памятник, подлежащий охране; в 1980-х годах после сносов вокруг него церковь осталась посреди пустого пространства.
Деревянная лестница галереи была обновлена в октябре 2010 года.
Примечательные особенности:
Церковь является подворьем монастыря святой Екатерины на Синае, использовавшимся как его стамбульское представительство.
Здание посвящено Иоанну Крестителю; оно также известно под названиями «Церковь Тур-и Сина» и «Церковь-подворье Иоанна Предтечи у Балаткапы».
Церковь открывается для богослужения в определённые праздники, в том числе в дни Иоанна Крестителя и святой Екатерины.
Комплекс включает вместе с церковью библиотеку, дом священника-гостевой дом и аязму; аязма и колодец находятся в юго-восточном боковом нефе.
Здание построено по схеме трёхнефной базилики; средний неф отделён от боковых нефов восемью колоннами.
На стенах имеются птичьи домики; эта деталь связывается с традицией птичьих домиков, распространённой в османской географии.
Изображение руки, находившееся над дверью, в настоящее время хранится в саду Греческого православного патриархата в Фенере.