Поскольку купола келий в правом крыле обрушились, их сверху по всей длине перекрыли сводчатым покрытием.
Без решения о выделении здания оно в течение некоторого времени использовалось Муфтиятом Фатиха как мужские курсы Корана.
В ходе этого использования аркада с левой стороны была закрыта и превращена в кухню.
Указывается, что во внутреннем пространстве полы и стены были облицованы плиткой примерно до высоты 1,50 м; промежутки между аркадами были закрыты железными рамами.
В ходе последних кадастровых работ медресе и его двор были зарегистрированы как отдельные земельные участки.
Примечательные особенности:
Она также известна под названием Медресе Коджа Мустафа-паши; расположена к юго-западу от мечети Коджа Мустафа-паши.
Она занимает участок площадью примерно 9,45 × 9,15 м; по обеим сторонам объёма дарсхане с наружными гранями, изломанными под углом 45 градусов, расположено по восемь келий.
Во всех кельях имеются очаги; каждая келья освещается через одно нижнее и одно верхнее окно.
Указывается, что в центре двора находился колодец.
Из-за своего значения оно пользовалось статусом уровня «Мусиле-и Сулеймание»; по общей сумме содержания, выделенной учащимся в вакуфии, предполагается, что в медресе, вероятно, обучалось 13 студентов.
В записях 953/1546 года указано, что комплекс Коджа Мустафа-паши состоял из мечети, медресе, имарета и ханкаха.