Yapımına ilişkin kesin tarih ve kitabe bilgisi bulunmamakla birlikte, mescidin 19. yüzyıla ait belgelerde ibadete açık olarak kaydedilmesi, yapının en geç 16. yüzyılda inşa edilmiş olduğunu göstermektedir.
Zaman içinde meydana gelen yangınlar ve çevresel etkenler nedeniyle yapı ciddi hasar görmüş; 19. yüzyılın sonlarına ait harita ve belgelerde “harabe” durumda olduğu belirtilmiştir.
20. yüzyılın ilk yarısında yapının ayakta kalan bölümleri de ortadan kalkmış, mescidin bulunduğu alan uzun süre farklı amaçlarla kullanılmıştır.
21. yüzyılda gerçekleştirilen arkeolojik araştırmalar sonucunda yapının kalıntıları tespit edilmiş, hazırlanan projeler doğrultusunda Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından rekonstrüksiyonu gerçekleştirilmiştir.
Rekonstrüksiyon sürecinin tamamlanmasının ardından mescid, yeniden ibadete açılarak özgün işlevine kavuşturulmuştur.
Öne Çıkan Özellikleri:
Bakkalzade Mescidi, İstanbul’un Fatih ilçesinde yer alan küçük ölçekli Osmanlı mahalle mescitleri arasında yer almaktadır.
Banisi olarak anılan Bakkalzade Mehmed Çelebi, yapının yerel bir hayır sahibi tarafından inşa ettirildiğini göstermesi bakımından önemlidir.
Uzun süre tamamen ortadan kalkmış olması ve ardından rekonstrüksiyon yoluyla yeniden ayağa kaldırılması, mescidi Fatih’teki nadir örneklerden biri hâline getirmiştir.
Yapı, bulunduğu çevrede tarihsel sürekliliğin yeniden tesis edilmesine katkı sağlayan temsil niteliği yüksek bir ibadet yapısıdır.
Günümüzde mescid, hem ibadet işlevi hem de bulunduğu mahallenin tarihsel belleği açısından aktif bir kamusal yapı olarak kullanılmaktadır.