Церковь сгорела при пожаре 25 апреля 1696 года, была заново построена и открыта для богослужения 14 сентября 1698 года.
В 1731 году церковь вновь сгорела, была заново построена и открыта для богослужения 1 октября 1734 года.
В 1840 году, в период султана Абдулмеджида, сооружение было полностью обновлено от основания; сохранившийся до наших дней основной объём сформировался именно в результате этого обновления.
В феврале 1924 года здание стало использоваться как центр Турецкого православного патриархата в Галате.
Примечательные особенности:
Церковь принадлежит Независимому Турецкому православному патриархату.
Сооружение также известно под названиями церковь Кефели и центральная церковь Богородицы.
В источниках зафиксировано, что церковь имеет предание об основании, связанное с урумской общиной, происходившей из Каффы (Кефе) в Крыму.
Церковь посвящена Пресвятой Деве Марии; в восточноцерковной традиции это посвящение выражалось именем Панайя.
В источнике указано, что в северном нефе церкви находилась икона Богородицы Одигитрии.
Указывается, что во время переселений, начавшихся после завоевания Стамбула, урумская община, прибывшая в 1475 году из Кефе в Стамбул, построила церковь для иконы Кара Мария, которую привезла с собой; поэтому церковь получила название церковь Богородицы.