1950 yılında gerçekleştirilen restorasyonda, son cemaat yeri ahşap çatı ile örtülmüştür.
1953 restorasyonunda ise beş kubbeli son cemaat yeri yeniden düzenlenmiş; minare, cephe ve kubbede dalgalı saçak görünümleri eklenmiştir.
Ahşap taklidi betonarme gergiler ilave edilmiştir. Külliyenin diğer yapıları olan medrese, hamam ve imaret günümüze ulaşamamış; sadece cami ve türbe ayakta kalmıştır.
- Öne çıkan özellikleri
Ters T planlı ve tabhaneli (fakirlere ve medrese talebesine sıcak yiyecek dağıtmak amacıyla kurulmuş hayır müessesesi) bir cami; merkezi kubbe, mihrap yönünde yarım kubbe ile desteklenmiştir. Osmanlı ve Bizans esintileri taşıyan özgün bir tasarıma sahiptir.
Taş ve tuğla almaşık örgü; pandantiflerle kubbeye geçiş sağlanmıştır.
Şerefe altı ve küp bölümü mukarnaslı (sarkıt) bezemeli, silindirik ve kalın gövdeli.
Barok dönem kalem işleri; tromplarda ve mihrapta mukarnaslı detaylar.
Caminin güneybatısında bulunan sekizgen planlı türbede Rum Mehmed Paşa’nın medfun olduğu kabul edilir.
Bu cami, Üsküdar’ın erken dönem Osmanlı mimarisinin nadide örneklerinden biridir.