18. yüzyılda, Dârüssaâde Ağası Beşir Ağa tarafından avlunun ortasına sütun biçiminde bir çeşme yaptırılmıştır.
1834 yılında, II. Mahmud döneminde büyük bir onarımdan geçen yapı, 1950’lerde kapsamlı bir restorasyonla yeniden ele alınmış; bu süreçte revaklar ve ahşap bölümler yenilenmiş, kubbe ve yarım kubbeler restore edilmiştir.
1999 İzmit depremi sonrasında ise yapıda oluşan hasarların giderilmesi amacıyla tekrar restorasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir.
- Öne çıkan özellikleri
Haliç’e hâkim bir tepeye yerleştirilen külliye, İstanbul’un şehir silüetinde çarpıcı bir görsellik sunar.
Ana kubbe dört büyük destek ile taşınmakta olup, klasik Osmanlı cami mimarisinin güçlü bir örneğidir.
Dört adet minareden yüksek olan ikisi üç şerefeli, kısa olan diğer ikisi ise iki şerefeli olarak tasarlanmıştır. On şerefe, Kanuni Sultan Süleyman’ın Osmanlı’nın onuncu padişahı ve fetihten sonra dördüncü sultan oluşuna bir gönderme olarak yorumlanır.
Caminin iç süslemelerinde yer alan İznik çinileri ve renkli vitraylar Türk sanatının en güzel örneklerindendir.
Kubbe içine yerleştirilen küpler ile akustik sağlanmış, yüzlerce pencere ile aydınlık bir iç mekân oluşturulmuştur.
Kanuni Sultan Süleyman, Hürrem Sultan ve Mimar Sinan’ın türbeleri külliye sınırları içinde yer alır. Hazirede pek çok tanınmış kişinin mezarları bulunmaktadır.