1819’da Derviş Mehmed Paşa tarafından külliyeye bir çeşme eklendi.
II. Mahmut devrinde geniş çapta onarımlar yapıldı.
1985 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından iç mekânda restorasyon yapıldı.
2005 yılında kapsamlı bir tamirden geçti.
- Öne çıkan özellikleri
Arakiyeci İbrahim Ağa Külliyesi ve Takkeci İbrahim Ağa Külliyesi olarak bilinen yapı, Ehli-i Hiref teşkilatına bağlı nakkaşlar tarafından bezenmiş çinilere sahiptir. Süpürgeliklerden üst sıra pencere altlarına kadar çinilerle kaplı olan harimde, yeşil, mavi, lacivert, beyaz ve mercan kırmızısı renklerinde çiniler kullanılmıştır. Üzüm tasvirli pano, caminin yapımına vesile olan rüyaya atfen yapılmıştır.
Caminin çinilerinin bazı eksik parçalarının Lizbon’daki Salazar Müzesi’nde bulunan Gülbenkyan Koleksiyonu’nda olduğu tespit edilmiştir.
Bitkisel kompozisyonlu çinilerle kaplı mihrabı, renkli camlı revzenleri, mermer minberi ve kündekârî kapısı yapının özgün mimari özellikleri arasında öne çıkar.