1961 yılındaki onarımda medreseye erişim düzeni yeniden ele alınmış; derslik bölümüne merdivenlerle çıkılan giriş kurgusu oluşturulmuştur.
1961 onarımında iç düzeninde bazı değişiklikler yapılmış; medrese avlusunun üzeri kapatılmıştır.
Cumhuriyet döneminde uzun süre Çocuk Dispanseri ve Ruh Sağlığı binası olarak kullanılmıştır.
Günümüzde özel bir tıp merkezi/sağlık merkezi işleviyle kullanılmaktadır.
Öne Çıkan Özellikleri:
Kurşunlu Medrese adıyla da anılır; kubbelerinin kurşunla kaplı olduğu bilgisi verilir.
Mihrimah Sultan Camii’nin kuzeyinde yer alır; cami avlusuna açılan anıtsal bir kapıdan dikdörtgen avluya girilir; avlunun ortasında mermer şadırvan bulunduğu belirtilir.
Hücreler revaklı avlunun iki uzun kenarında yedişer, dershanenin iki yanında birer olmak üzere toplam on altı hücre olarak tanımlanır.
Odalarda üçer pencere, ocak ve dolap nişleri bulunduğu; kapı, odalar ve dershane önünde mermer sütunların taşıdığı kubbeli revak yer aldığı kaydedilir (sütun başlıkları baklavalı olarak tarif edilir).
Kare planlı dershane tek sağır kubbeli olarak tanımlanır; köşelerde küçük takviye kubbecikleri bulunduğu ve dershanenin pencerelerle ışık aldığı belirtilir.
Set üzerine oturduğu; deniz tarafındaki cephenin taş payandalarla takviye edildiği bilgisi verilir.
Vakfiye şartlarında müderris ve talebeler için günlük akçe tahsisleri bulunduğu; medresenin ilk müderrisi İmamzâde Mehmet Efendi’nin 1547-1548’de göreve atandığı kaydedilir.