23.10.1577 tarihli vakfiye, külliyede inşanın sürdüğünü gösterir; medreselerin yapımının 1582 yılına kadar devam etmiş olması muhtemeldir.
1825 yılında külliye için onarım süreci yürütülmüştür.
1894 depremi külliyede büyük tahribata yol açmıştır.
1955’te başlayan onarımın ardından 1963 yılında külliye yeniden kullanıma açılmıştır.
Koruma Kurulu, 28.08.1991 tarihli kararda onarım için rölöve ve onarım projesi hazırlanmasını istemiş ve medrese birimlerinin boşaltılmasına karar vermiştir.
Medrese birimleri günümüzde kültür-sanat odaklı atölye kullanımlarıyla değerlendirilmiştir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Yapı, Zal Mahmud Paşa Külliyesi’nin iki medrese biriminden biridir.
Külliye eğimli araziye yerleştirilmiştir; medrese birimlerinden biri üst kotta, diğeri alt kotta konumlanır.
Medrese birimleri, külliyenin iki ayrı caddeye açılan avlu kapılarıyla kurduğu dolaşım düzeninin parçasıdır.
Külliyenin ilk programında medrese, türbe ve çeşme birlikte planlanmıştır; bu kurgu, yapının vakıf sistemi içinde dinî ilimler eksenli eğitim kimliğini güçlendirir.
Alt kotta yer alan medrese birimleri L planlı bir yerleşimle tarif edilmiştir.