شُيِّدَ المبنى سنة ١٨٤٧ باسم «مدرسة سان جان بابتيست الفرنسية».
ويُعَدّ من أوائل المدارس التي افتتحتها جمعية الفرير في تركيا، وقد اتخذ سنة ١٩٣٧ اسم «ثانوية تقسيم للبنين» بوصفه مدرسةً تركية.
وقد بُني سنة ١٨٤٧ بطابق واحد وقاعتين دراسيتين، ثم أُضيف إليه مع الزمن طابقان آخران ليأخذ هيئته الحالية.
وفي سنة ٢٠٠٠ أطلقت مؤسسة خريجي ثانوية إسطنبول أتاتورك عملية تجديد شاملة في مبنى المدرسة.
خصائصه بارزة:
وقد واصلت المدرسة نشاطها التعليمي باسمَي «ثانوية بيوغلو أتاتورك الأناضولية» و«ثانوية تقسيم أتاتورك»، وكانت مؤسسةً تعليميةً مهمةً في المسار الممتد من العهد العثماني إلى الجمهورية.
وسُجِّلَ في التاريخ تسجيلًا مهمًّا أنّ مصطفى كمال أتاتورك، أثناء زيارته المنطقة سنة ١٩٣٠، نبَّه المسؤولين بقوله: «يا سادة، أما يكون هنا مدرسةٌ تركية؟».
ومن بين خريجيها أسماءٌ بارزة مثل محمد بارلاص، ودوغان باباجان، وقادر طوباش، وسزن جمهور أُونال، وعطيلا أوزدمير أوغلو، وإديز هون.