تم إعادة بناء المسجد في عام ۱۸۸۵ بأمر من السلطان عبد الحميد الثاني، بسبب حريق دمره.
بين عامي ۱۹۲٤ و۱۹۲٦، خلال فترة والي إسطنبول إمين بيه، تم هدم المسجد وإعادة بنائه في موقعه الحالي.
تم إضافة شاذروان إلى حديقة المسجد في عام ۱۹۸۷.
خصائصه البارزة:
جامع الفاتح في قلعة الأناضول، يقع على الضفة الآسيوية من مضيق البوسفور. تم بناء المسجد بأمر من السلطان محمد الفاتح خلال عملية ترميم قلعة الأناضول، ويحمل آثار العمارة العثمانية في الفترة المبكرة.
تم بناء المسجد بمئذنة واحدة وشرفة واحدة. المئذنة المصنوعة من الحجر المقطوع، الموجودة في الزاوية الشمالية الغربية، تتميز بشرفتها ذات الحاجز الهندسي السداسي والمزخرفة، بالإضافة إلى الأعمدة السميكة التي تدعمها.
على قاعدة المئذنة، توجد كتابة تاريخية تعود إلى عام ۱۸۸۵ كتبها المؤرخ مُحتار أفندي. تشير هذه الكتابة إلى تجديد بناء المسجد في فترة السلطان عبد الحميد الثاني.
الشاذروان الموجود في حديقة المسجد تم إنشاؤه في عام ۱۹۸۷، ويكمل العناصر الجمالية والوظيفية للمسجد.