Мечеть была перестроена в 1885 году по приказу султана Абдулхамида II в связи с ее возгоранием.
Мечеть была снесена и восстановлена на прежнем месте в 1924-1926 годах во время правления стамбульского Шехремини Эмин-бея.
В 1987 году в саду мечети появился фонтан.
Примечательные особенности:
Мечеть Анадолу Хисары Фатих Султан была построена султаном Фатихом Мехметом в процессе ремонта исторической Анадолу Хисары, расположенной на анатолийской стороне Босфора, и несет на себе следы ранней османской архитектуры.
Мечеть была построена с одним минаретом и одним балконом. Минарет из тесаного камня, расположенный в северо-западном углу, привлекает внимание своим шестиугольным геометрическим балконом с переплетенными балюстрадами и конструкцией, поддерживаемой толстыми консолями.
На основании минарета есть надпись, датированная 1885 годом, написанная Тарихнювисом Мухтаром Эфенди. Эта надпись относится к реставрации мечети во время правления султана Абдулхамида II.
Фонтан в саду мечети был сооружен в 1987 году и завершает эстетические и функциональные элементы мечети.