Yangın sonrası onarım/yeniden inşa 1890’da başlamış ve kilise 28 Haziran 1892’de tekrar ibadete açılmıştır.
Avlu giriş kapısının üstündeki çan kulesi 1911’de Andon Hüdaverdioğlu tarafından ilave edilmiştir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Kilise İstanbul Rum Patrikhanesi’ne aittir.
Kilise Aziz Panteleimon’a ithaf edilmiştir; 27 Temmuz kilisenin isim günüdür.
Yapı, kapalı Yunan haçı planı ile tanımlanır; orta mekânı örten ana kubbe dört taşıyıcıya oturur.
Çan kulesi mermerden yapılmıştır; iki katlıdır ve kubbeyle örtülüdür.
Duvar örgüsünde kaba yonu taşlar kullanılmıştır; köşelerde daha büyük boyutlu kesme taşlar görülür ve bazı taşlarda kabartma haç motifleri bulunur.
Kuzey cephede bir giriş açıklığı vardır; bu girişin iki yanında üçer kemerli pencere yer alır ve apsis bölümünde de üç kemerli pencere bulunur.
Kilisenin bitişiğinde kare planlı bir ayazma vardır.
Ayazma çeşmesinin yazıtında iki satır hâlinde “Kendinizi yıkayın ve böylece temiz olursunuz.” ifadesi yer alır; ayazma suyunun şifalı olduğuna dair inanç günümüzde de sürmektedir.