1648 depremi minare ve avlu duvarlarında hasar oluşturmuştur; medresenin sekiz hücresinin bacaları devrilmiştir.
Sabîh Ali Efendi mescide minber koydurmuştur; yapı bu müdahaleyle cami işlevi kazanmıştır.
1894 depremi yapıya ağır hasar vermiştir; iki duvar tamamen yıkılmış, minarenin şerefeden üst kısmı devrilmiştir.
1914 ve 1918 tarihli kayıtlarda yapı harap durumda değerlendirilmiş ve idare tarafından kadro dışı bırakılmıştır.
1930-1960 döneminde mescid harap kalmıştır; medrese bölümü bakımsız kalmış ve barınma amaçlı kullanımlar görmüştür.
Yakın dönemde çevresi istimlâk edilerek temizlenmiş; yapı bir üniversite arazisi içinde düzenlenmiş, alan sınırları kurum kullanımına dâhil edilmiştir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Medrese, Bizans dönemi küçük bir kilisenin (şapel) mescide çevrilmesiyle oluşan küçük külliyenin eğitim yapısıdır.
Mimar Sinan, mescidin etrafına medrese inşa ederek yapıyı külliye bütünlüğüne taşımıştır.
Medrese, sokak dokusuna uyacak biçimde avlunun bir kenarında ve mescidin dışında konumlanmıştır.
Planda ortada büyük kubbeli dershane ve önlerinde kubbeli revaklar bulunan hücreler düzeni vardır; rölövede biri küçük olmak üzere 11 hücre ve bir dershane düzeni verilir.
Revaklarda baklavalı başlıklı mermer sütunlar kullanılmıştır; dershane kapı kemeri çift renkli taşlardan geçmeli biçimde yapılmıştır.
İç mekânda sıva üzerine baskı tezyinat şeridi bulunmuştur; bu şeridin bir parçası günümüzde müze koleksiyonundadır.