Yeniköy’deki daha eski Aya Nikolaos kilisesi 1772’de yangın geçirmiş; 1812–1814 arasında ihya edilmiş ve 1838/1839’da bugünkü biçimine yenilenmiştir.
Çan kulesinde 1888 tarihli mermer kitabe bulunmaktadır.
Kilisenin daha eski bir evrede farklı bir yerde bulunduğu, 17. yüzyıl ortalarında bilinmeyen bir nedenle tahrip olduğu ve 1838’de Sultan II. Mahmud döneminde yeni yerinde inşa edilmesine izin verildiği bilinmektedir.
Öne Çıkan Özellikleri:
Kilise İstanbul Rum Patrikhanesi’ne aittir.
Yapı, üç nefli bazilika planlıdır; naos ve narteks düzeni kaynaklarda ayrıntılı olarak tarif edilmiştir.
Kilise, Yeniköy’de Köybaşı Caddesi’ne inen yamaç üzerinde konumlanır.
Yapıda 18.-19. yüzyıla tarihlenen ikonalar üzerine hazırlanmış bir çalışma kapsamında 78 taşınabilir ikona kataloglanmıştır.
Avlunun kuzeydoğusunda Konstantinos Karatodori’nin kabri bulunur; kendisi İstanbul Tıbbiye Mektebi’nde hocalık yapmış ve Sultan Abdülmecid dâhil dönemin saray çevresiyle ilişkilendirilen bir hekimdir.