1509’daki depremde büyük ölçüde zarar görmüş, ardından onarılarak yeniden kullanıma alınmıştır.
1911 ve 1915 yıllarında bakımsızlık nedeniyle durum tespiti raporları hazırlanmış; 1940’lı yıllarda geniş ölçüde onarım görmüştür.
1931’de İstanbul Belediyesi tarafından restore edilerek müze ve kütüphane işleviyle kullanılmaya başlanmıştır.
1945’ten itibaren yapı yalnızca belediye kütüphanesi olarak hizmet vermiştir.
1981’de kütüphanenin taşınmasının ardından yapı, Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edilerek hat müzesi işlevine dönüştürülmüş ve 28.10.1984’te hizmete açılmıştır.
1956-1959 istimlâkleri sırasında medresenin önündeki havuz yok edilmiş; meydanla ilişkisini kuran duvarın kaldırılmasıyla yapı açıkta kalmıştır.
Öne Çıkan Özellikleri:
Yapı, Beyazıt Medresesi ve Havuzlu Medrese adlarıyla da bilinir.
Medrese 44 × 36,60 m ölçüsündedir; iç avlunun etrafını üç taraftan kubbeli revaklar sarar ve avlu ortasında şadırvan bulunur.
Revak kemerleri sütunlara değil kare taş pâyelere oturur; cümle kapısı sivri kemerli büyük bir eyvanın içinde açılır.
Dershane-mescid birimi cümle kapısının karşısında yer alır ve 7,40 m çapında kubbe ile örtülüdür; bu birimde taş ve tuğla şeritli örgü uygulanmıştır.
Revakların arkasında her biri ocaklı, dolaplı ve dışa pencereli kubbeli yirmi oda bulunur.
Medrese, şeyhülislâmların ders verdiği ve Zenbilli Ali Efendi ile İbn Kemal gibi âlimlerin hocalık yaptığı İstanbul’un önemli ilim merkezlerinden biridir.